Китайская академия сельскохозяйственных наук разработала новый метод анализа ассоциаций полиплоидного генома

Репортаж от Wedoany，Инновационная группа по разработке и применению технологий геномики сельскохозяйственных культур из Института геномики сельского хозяйства Китайской академии сельскохозяйственных наук разработала новый метод анализа ассоциаций полиплоидного генома, решив проблему генетического анализа сложных полиплоидных геномов. Соответствующие результаты исследования были опубликованы в журнале «Nature Genetics».

Полиплоидные геномы содержат несколько наборов высокогомологичных гомологичных хромосом. Традиционный полногеномный анализ ассоциаций требует сначала точного выравнивания секвенированных фрагментов с эталонным геномом, а затем идентификации генотипов особей. Однако из-за высокой степени сходства гомологичных хромосом фрагменты часто неправильно картировались, что приводило к искажению результатов анализа.

Для решения этой проблемы исследовательская группа предложила новый метод полногеномного анализа ассоциаций полиплоидов, не зависящий от выравнивания с эталонной последовательностью. Этот метод обходит трудоемкий этап сборки, находя ключевые гены, связанные с признаками, путем «подсчета» фрагментов генов. Технология была проверена на диплоидном рисе, тетраплоидной люцерне, гексаплоидном батате и полиплоидном культурном сахарном тростнике, а также позволила выявить ключевые гены, контролирующие накопление сахара и кущение, в сложных популяциях дикого сахарного тростника. Это исследование предоставляет мощный инструмент для точной селекции полиплоидных культур и может ускорить процесс выведения высококачественных сортов.

Данное исследование было поддержано Национальным фондом естественных наук Китая, Проектом инноваций в области науки и технологий Китайской академии сельскохозяйственных наук и другими программами.