Репортаж от Wedoany，Компания NVIDIA выпустила NVIDIA BioNeMo Agent Toolkit — специализированный набор инструментов для рабочих процессов в области наук о жизни на основе ИИ.
Данный набор объединяет библиотеки, инструменты и открытые модели в области наук о жизни, разработанные NVIDIA за последние десять с лишним лет. Он предназначен для помощи ИИ-агентам, учёным и лабораториям в обработке научных данных, включая сбор доказательств, анализ результатов, проведение вычислительных экспериментов и рекомендацию дальнейших шагов.
Набор может использоваться в универсальных ассистентах, научных агентах, программных платформах и внутренних биофармацевтических системах, предоставляя инструменты для обобщения научных знаний, вызова моделей, оценки результатов, логического обоснования выводов и выполнения последующих задач.
В состав набора входят NVIDIA BioNeMo, а также используются технологии NVIDIA NIM microservices, NVIDIA Parabricks, NVIDIA NeMo и NVIDIA Nemotron, а также инструменты для ускоренных вычислений.
Более 50 компаний уже применяют этот набор в своих рабочих процессах, охватывающих такие направления, как предсказание структуры белков, молекулярный докинг, генеративная химия, геномный анализ, дизайн белков и поиск биомаркеров.
Такие организации, как Arc Institute, Open Molecular Software Foundation и Институт дизайна белков Вашингтонского университета (University of Washington’s Institute for Protein Design), сотрудничают с NVIDIA, применяя BioNeMo для исследовательских моделей и делая их доступными через агентные рабочие процессы. По заявлению NVIDIA, сотрудничество с Институтом дизайна белков позволило улучшить производительность таких моделей, как RosettaFold3, которая работает примерно вдвое быстрее по сравнению с предыдущим поколением.
Исследования в области наук о жизни требуют значительных бюджетов на НИОКР в научных и фармацевтических учреждениях. Агентные рабочие процессы помогают исследователям быстрее проводить итерации, снижать затраты и повышать эффективность научной работы. NVIDIA отмечает, что данный набор позволяет разработчикам адаптировать универсальных агентов для задач в области наук о жизни, помогая исследователям быстрее проводить эксперименты, учиться на результатах и сокращать цикл между гипотезой и анализом. Некоторые компании также расширяют эти рабочие процессы на физические лабораторные среды.
Универсальные агенты могут испытывать трудности с научными рабочими процессами, поскольку им необходимо правильно определять инструменты, входные данные, выходные данные и биологический контекст. NVIDIA заявляет, что BioNeMo Agent Toolkit предназначен для помощи агентам в выборе подходящих инструментов, интерпретации результатов и поддержке научного анализа.
NVIDIA адаптирует платформу BioNeMo таким образом, чтобы агенты могли напрямую вызывать библиотеки, модели и фреймворки. Это включает открытую модель NVIDIA Nemotron для логического вывода, библиотеку NVIDIA NeMo RL для обучения с подкреплением, а также шаблон NVIDIA NemoClaw для агентов, способных взаимодействовать между задачами, вызывать инструменты и обмениваться данными.
Микросервисы NVIDIA NIM используются для доступа к моделям и выполнения задач. Среда выполнения NVIDIA OpenShell обеспечивает среду выполнения для этих рабочих процессов.
Поддерживаемые набором рабочие процессы включают: виртуальный скрининг, где агент помогает идентифицировать кандидаты на малые молекулы, генерируя и фильтруя соединения, проводя их докинг с мишенями, предсказывая силу связывания и отфильтровывая по лекарственноподобным свойствам, после чего система ранжирует кандидаты для дальнейшей проверки; геномный анализ и поиск мишеней, где агент обрабатывает данные секвенирования, превращая их в приоритетные генетические находки и биологические мишени, при этом NVIDIA Parabricks используется для выравнивания и обнаружения вариантов, а геномные базовые модели оценивают эффекты вариантов, после чего агент ранжирует кандидатные мишени для дальнейшего изучения; дизайн белковых связывающих агентов, где агент помогает исследователям разрабатывать и вычислительно оценивать кандидатные связывающие агенты до начала лабораторных работ; биомедицинские исследовательские рабочие процессы, где агент соединяет источники данных с моделями логического вывода для таких задач, как обзор литературы, генерация протоколов, скрининг клинических испытаний и фармаконадзор; анализ медицинских изображений, где агент обрабатывает, сегментирует, синтезирует и анализирует данные медицинских изображений для таких рабочих процессов, как поиск биомаркеров и генерация доказательств.
Компании из технологического сектора и сферы наук о жизни используют этот набор для агентных рабочих процессов. Разработчики научных агентов, включая Anthropic, Edison Scientific, Lila Sciences, OpenAI и Owkin, интегрируют BioNeMo в свои исследовательские и аналитические рабочие процессы. NVIDIA отмечает, что её модели и аналитические библиотеки помогают сократить время между генерацией гипотез и получением результатов.
Платформы данных и инструментов, включая Benchling, Certara, Databricks, Snowflake и Seqera, используют BioNeMo Agent Toolkit для соединения научных систем данных с рабочими процессами ИИ. Инструменты BioNeMo помогают агентам запрашивать биологические и химические наборы данных, подготавливать входные данные для моделей, запускать воспроизводимые рабочие процессы, анализировать выходные данные и возвращать результаты в рамках платформ, используемых учёными и командами по работе с данными.
Диагностические и фармацевтические компании, включая Lilly и Natera, используют BioNeMo Agent Toolkit в своих рабочих процессах, связанных с открытием, трансляционными исследованиями и клиническим анализом. Компании в области ИИ, специализирующиеся на биологии, включая Boltz, Basecamp Research, Chai Discovery, Dyno, PerturbAI и Proxima, сотрудничают с NVIDIA для разработки инструментов для терапевтического дизайна на основе моделей. Компании по разработке программного обеспечения для открытия лекарств, включая Dassault Systèmes, Cadence (OpenEye) и Schrödinger, интегрируют функции набора в научные приложения, используемые в рабочих процессах открытия, что позволяет агентам координировать задачи генерации молекул, докинга и предсказания в существующих программных средах. Компании по производству лабораторного оборудования и автоматизации, включая Automata, HighRes, Tecan, Thermo Fisher и Medra, используют инструменты BioNeMo для соединения лабораторных систем с вычислительными рабочими процессами. Поставщики ИИ-облаков и инфраструктуры, включая Baseten, Modal и Nebius, используют этот набор для поддержки управляемых рабочих процессов в области наук о жизни, предоставляя API, управляемые вычислительные ресурсы и среды логического вывода, предназначенные для поддержки развёртывания приложений на основе BioNeMo для исследователей и предприятий.
BioNeMo Agent Toolkit и его навыки теперь доступны через страницу ресурсов для разработчиков NVIDIA и GitHub.
